申村水库事务中心设下列内设机构：

（一）综合办公室

承办文件收发和起草工作；组织安排事务中心各类会议，做好会议记录；制订干部学习计划、中心年度工作计划和各股室考核；做好事务中心机关后勤保障和管理；做好上传下达和内外协调工作。

（二）工程技术股

负责工程规划、计划的编制；安排和组织各类工程施工；研究制订水库防洪预案、水库控制运行计划；负责干部职工专业技术和技能的培训。

（三）灌区管理股

负责灌区日常管理、运行和维护；制订和落实灌区工程岁修和维修计划；研究制订和不断完善灌区管理机制。

（四）资产财务股

负责中心资产管理，完善财产管理制度，确保财产不流失、不损坏；当好领导参谋，牵头制订事务中心年度财务计划；规范财务管理程序；严格执行工程专项资金专款、专户、专用制度。

（五）水库管理站

负责水库枢纽工程的日常运行管理和维护；负责养殖水面的规划和管理；负责水库日常防汛工作的组织和落实；做好枢纽工程安全监测工作；负责水雨情信息的收集、传递和整理，负责水文资料的整编和归档。

（六）精卫湖风景区管理股

研究制订精卫湖景区发展规划；精卫湖景区开发的宣传策划；研究制订精卫湖景区管理服务措施，为在精卫湖投资兴业者提供优质高效和便利的服务。

（七）水源地保护股

负责整治水源地范围内各类污染源，不定时的对水库周边的垃圾、水面漂浮物进行清理；对污染水源地的行为进行制止劝阻；负责饮用水源污染整治工作的统筹协调、监管管理和饮用水源地水质监测工作，协助有关部门加强养殖污染、水面漂浮物污染和生活污染的整治工作。